Professionnel·les de santé : êtes-vous concerné·e par la facturation électronique ?
Publié le 22 mai
5 min. de lecture
Publié par Victoria Grimaldi
5 min
Si vous exercez une profession médicale ou paramédicale, vous pensez peut-être que la réforme de la facturation électronique ne vous concerne pas ? En réalité, c’est plus complexe que cela ! Cette dernière s’applique à votre activité professionnelle dans certains cas. Nous faisons la lumière sur tout ce qu’il faut savoir avant l’entrée en vigueur de la réforme le 1er septembre 2026.
Facturation électronique : les obligations des professions de santé en résumé
La facturation électronique pour les professions de santé
Situations | Obligations applicables |
|---|---|
Facturer des actes de soins à vos patient·es | ❌ Vous n’avez pas l’obligation d’émettre une facture électronique ni d'e-reporting. |
Facturer des actes hors nomenclature ou non thérapeutiques soumis à TVA à vos patient·es | ✅ Vous devez réaliser un e-reporting à l’administration fiscale. |
Facturer des actes hors nomenclature ou non thérapeutiques soumis à TVA à d’autres professionnel·les de santé ou à des entreprises | ✅ Vous devrez émettre une facture électronique. |
Recevoir des factures de fournisseurs ou d’entreprises | ✅ Vous devez être en mesure de recevoir des factures électroniques sur une plateforme agréée. |
Êtes-vous concerné·e par la réforme de la facturation électronique ?
Comprendre les grandes lignes de la réforme de la facturation électronique
Qu’est-ce que la réforme de la facturation électronique ?
La réforme de la facturation électronique est une réforme fiscale qui modifie la façon dont les entreprises s'échangent leurs factures en France. Objectifs affichés : moderniser les échanges, simplifier la gestion comptable et lutter contre la fraude à la TVA.
Concrètement, vos factures ne transitent plus par e-mail mais devront passer par une plateforme agréée par l'État (une PA, anciennement appelée plateforme de dématérialisation partenaire, PDP).
Vos factures devront également adopter l’un de ces formats structurés :
Factur-X ;
UBL ;
ou CII.
💡
Les factures électroniques vont coexister avec les dispositifs dématérialisés déjà en place comme Sesam-Vitale ou la feuille de soins électronique (FSE).
Les 3 volets de la réforme de la facturation électronique
La réforme repose sur 3 volets :
✅ la réception de factures électroniques pour toutes les entreprises ;
✅ l'émission de factures électroniques pour les entreprises assujetties à la TVA en France facturant à d’autres entreprises ;
✅ l'e-reporting, c'est-à-dire la transmission de données à l'administration fiscale pour les opérations avec des particuliers ou à l'international.
Le 1er volet (la réception des e-factures) entrera en vigueur au 1er septembre 2026. Allons tout de suite plus loin en passant en revue ces 3 obligations 👇.
Recevoir des factures électroniques : obligatoire pour tous les soignant·es
🚨 Avec la réforme, la réception de factures électroniques est obligatoire pour tous les professionnels de santé dès septembre 2026.
Elle vous concerne directement car en tant que profession libérale, vous devez être en mesure de réceptionner des factures électroniques de vos fournisseurs ou partenaires.
📌 Exemples concrets
achats de matériel médical ;
fournitures diverses pour le cabinet (masques, seringues, etc.) ;
abonnements aux logiciels métier et de prise de rendez-vous (exemple : Doctolib) ;
honoraires de votre expert-comptable ;
prestations d’autres professionnels ou d’entreprises (laboratoire, etc.)…
Émettre des factures électroniques : une obligation résiduelle pour les professions de santé
Les actes de soins
Bonne nouvelle si c'est votre cas : vous êtes largement épargné·e par la réforme.
La réforme concerne uniquement les activités assujetties à la TVA. Or, selon l’article 261-4-1° du Code général des impôts, les actes de soins sont exonérés de TVA.
👉 Vous n’avez donc pas d’obligation d’émission de factures électroniques pour ce type d’actes.
📌 Exemple
Marie est médecin généraliste. Elle exerce seule et consacre tout son temps pour les consultations médicales de sa patientèle. Elle n’a pas besoin d’émettre des factures électroniques.
Les actes hors nomenclature ou non thérapeutiques relevant de la TVA
Si vous effectuez des actes hors nomenclature ou des actes non thérapeutiques, ce type d’actes relève généralement de la TVA.
Quels sont les actes concernés ?
médecine esthétique non thérapeutique ;
expertises médicales pour les assurances ou tribunaux ;
conférences rémunérées ;
conseil pour les entreprises ;
vente de produits dans le cas où ce n’est pas le prolongement direct des soins prodigués…
👉 Si vous facturez ces actes à des professionnels, vous devrez envoyer des factures électroniques via une plateforme agréée. Cela vous concerne y compris si vous êtes en franchise en base de TVA.
👉 Si vous facturez ce type d’acte à des particuliers, il n’est pas obligatoire d’émettre des factures électroniques. Vous serez simplement soumis·e à l’obligation d’e-reporting (nous y revenons plus bas !).
📌 Exemple
Noémie est neuropsychologue. Elle donne des cours régulièrement dans une école privée. Ce type de prestation devra faire l’objet d’une facture électronique.
Les remplacements et les collaborations libérales
Vous êtes remplaçant·e ou collaborateur·rice ? La réforme peut également vous concerner.
Selon l'administration fiscale, la redevance qui rémunère la mise à disposition des locaux et des installations techniques est soumise à TVA. Sur cette partie-là, la facturation électronique s'applique entre confrères.
📌 Exemple
Pierre, kinésithérapeute, est remplacé une semaine sur 2 par Léa. La redevance de collaboration payée par Léa pour la mise à disposition du cabinet est assujettie à la TVA. Elle doit donc émettre une facture électronique à Pierre.
L'e-reporting pour les professions de santé
L'e-reporting est l'obligation de transmettre certaines données de transaction à l'administration fiscale. Elle concerne les opérations qui sortent du champ de la facturation électronique.
👉 La règle est simple : les opérations exonérées de TVA par nature comme les activités médicales ou paramédicales sont exclues de l’e-reporting.
L’obligation d’e-reporting vous concerne donc uniquement si :
✅ vous facturez des prestations assujetties à la TVA ;
✅ à des particuliers ou bien à l'international.
📌 Exemple
Jean-Michel est chirurgien esthétique. Il accueille une patiente qui souhaite faire refaire son nez dans un but d’embellissement pur. Cet acte est un acte assujetti à la TVA. Il n’a pas besoin d’émettre une facture électronique car sa patiente est un particulier mais il devra s’acquitter de son obligation d’e-reporting.
Professions médicales et paramédicales : comment vous mettre en conformité avec la réforme ?
Avant le 1er septembre 2026, vous devez choisir et déclarer une plateforme agréée.
Choisir une plateforme agréée (PA)
Une plateforme agréée (ex-PDP) est un intermédiaire entre vous et vos fournisseurs ou vos client·es professionnels.
Elle se charge de la réception des factures et de leur transmission si vous êtes concerné·e par l'émission.
👉 Pour choisir une plateforme agréée pour votre cabinet médical, voici quelques critères à garder en tête :
sélectionnez une plateforme agréée par l'administration fiscale dans la liste officielle ;
vérifiez la compatibilité avec votre logiciel métier (Doctolib, Maïa, etc.) et de façon générale, vos outils de facturation et de comptabilité ;
adoptez une plateforme simple à utiliser au quotidien.
✨ Shine sera plateforme agréée dès 2026
Envie de simplicité ? Shine sera plateforme agréée en 2026. La facturation électronique sera intégrée directement à votre compte pro Shine, sans surcoût : vous restez sur l'outil que vous utilisez déjà au quotidien et nous nous occupons de la partie technique !
Êtes-vous concerné·e par la réforme de la facturation électronique ?
Enregistrer son choix avant la date butoir
La réforme entrera en vigueur selon un calendrier précis :
Calendrier de la réforme de la facturation électronique
Au 1er septembre 2026 | Obligation de réception |
Au 1er septembre 2027 | Obligation d’émission et e-reporting |
🚨 Vous devez donc avoir choisi votre plateforme agréée au 1er septembre 2026.
En général, vous pouvez le faire sur le site de la plateforme en question. Cette dernière se charge ensuite de déclarer votre choix à l’administration fiscale.
⚠️
Avant septembre 2026, vous devez aussi prévoir de former votre personnel (votre secrétaire médicale par exemple) et de faire des tests pour vérifier que tout est en place.
Quels sont les avantages de la facturation électronique pour les professions de santé ?
Au-delà de l'obligation, la facturation électronique apporte des bénéfices concrets pour votre cabinet.
Le principal avantage à en attendre est une réduction du temps de gestion administrative une fois les process bien en place.
👉 Vous pourrez :
gagner du temps : les factures fournisseurs s'intègrent automatiquement à votre comptabilité sans ressaisie manuelle ;
réduire les erreurs et les pertes de factures : fini les factures égarées entre deux dossiers ;
avoir une meilleure visibilité sur votre trésorerie et vos charges avec un suivi des remboursements plus précis ;
profiter d’un archivage sécurisé, numérique et automatique.
3 points à retenir sur la facturation électronique des professions médicales et paramédicales
Les professions de santé sont concernées par l’obligation de réception de factures électroniques, même si leur activité est exonérée de TVA.
L’émission de factures électroniques ne concerne pas les actes de soins. Elle ne s'applique qu'aux actes relevant de la TVA facturés à des professionnels ainsi qu'aux remplacements et collaborations.
L’e-reporting concerne uniquement les actes relevant de la TVA facturés à des particuliers et les opérations à l’étranger.
Pour compléter ces informations, vous pouvez retrouver les 5 meilleurs logiciels de facturation électronique.
Vous préférez vous concentrer sur vos patient·es plutôt que sur vos factures ? Shine vous accompagne dans le passage à la facturation électronique.
